虽然名字中同有“塔利班”，但巴基斯坦塔利班与时常出现在媒体报道中的阿富汗塔利班并不是同一个组织。
　　复旦大学国际问题研究院巴基斯坦研究中心主任杜幼康表示，这两个组织之间相互有联系，但发展历程、政治目标和活跃规模都不尽相同。与自上世纪90年代便发展壮大的阿富汗塔利班不同，巴基斯坦塔利班在2007年才建立。
　　从1996年到2001年的“9·11”事件之前，阿富汗塔利班控制了阿富汗大部分地区，而“9·11”事件后，巴基斯坦开始出现一种新的塔利班运动。
　　“阿富汗塔利班和‘基地’组织逃往了巴基斯坦。它们并没有在军事上被美国及其盟友击败，它们在巴基斯坦的部落地区找到了藏身之地，让整个地区极端化，‘基地’组织为此投入了大量资金。”巴基斯坦政治问题专家艾哈迈德·拉希德对“德国之声”表示。与此同时，巴基斯坦政府欠缺在部落地区实现教育和发展的目标，因而前途渺茫的年轻人选择加入塔利班的各个分支。
　　巴基斯坦塔利班创始人贝图拉·马哈苏德青年时期就曾加入阿富汗塔利班，还曾晋升为阿塔领导人之一。2007年，贝图拉·马哈苏德正式宣布建立“巴基斯坦塔利班运动”，同时将反美、反巴基斯坦政府作为目标。贝图拉·马哈苏德在2009年美军的一次空袭中死亡。
　　“巴基斯坦塔利班与阿富汗塔利班两者成员主体最初都是宗教学校的学生。”兰州大学“一带一路”研究中心执行主任、阿富汗研究中心主任朱永彪表示，“阿塔的主要目的是为了在阿富汗执政，巴塔则是为了在巴基斯坦闹独立，巴塔被列为恐怖组织，但阿塔不是，两者意识形态在个别地方接近。”
　　杜幼康表示，“巴基斯坦政府认定巴塔是一个恐怖组织，政府部门曾多次遭巴塔袭击。巴塔在巴境内发动袭击时也不会区分目标，军警、平民均曾遭袭击伤害。”
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　　2012年2月，巴基斯坦塔利班在巴基斯坦白沙瓦杀害一名中国女子。
　　2013年6月，11人在巴基斯坦被杀害，其中包括两名中国人，巴基斯坦塔利班和“真主旅”均称对此负责。综合新华社、澎湃新闻、环球时报等报道